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三维基因

三维基因组学(Three-Dimensional Genomics,3D Genomics), 便是指在斟酌基因组序列、基因布局及其调控元件的同时,对其在细胞核内的三维空间布局,及在基因转录、调控、复制和修复等生物进程中的功效停止钻研。 为了钻研基因组的三维布局,美国Job Dekker及其协作者于2002年最早开辟出染色质构象捕获(Chromatin Conformation Capture,3C)手艺。3C手艺用于测定已知的两段基因序列(单点与单点)之间是不是存在交互感化(线性间隔远的两段序列因为空间折叠而变得相互临近)。以后,迷信家们扩大了3C手艺,开辟了4C(Circularized Chromatin Conformation Capture)手艺,用于测定单点与多点之间的染色质交互感化。5C(Carbon-Copy Chromatin Conformation Capture)手艺用于测定多点与多点之间的交互感化。为了能捕获全基因组规模内一切的染色质互作信息,Job Dekker钻研团队于2009年开辟了高通量染色体构象捕获(High-throughput Chromosome Conformation Capture,Hi-C)手艺。另外,将染色体构象捕获手艺与免疫共积淀手艺相连系,人们开辟了ChIP-Loop、ChIA-PET等手艺,用于钻研特定卵白介导的基因间交互感化。

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